이가운데 열린우리당 의원들은 이번 유전개발 사건은 공기업의 도덕성 해이와 방만한 운영을 보여주는 표본이라며 질타한 반면, 한나라당은 여당 이광재 의원이 유전개발사건과 관련된 만큼 '정치적 압력'여부에 촉각을 곤두세우는 등 서로 견해차를 보였다.
열린우리당 조경태 의원은 "이번 '유전의혹사건'은 철도청이 철도공사로 전환하면서 리스크와 출자회사관리 등이 이루어 지지 않아 발생하게 된 무리한 사업 추진의 대표적 사례다"라고 지적했다.
이에 대해 신광순 사장은 "공사의 심각한 상황에 놓인 부채를 해결하기 위해 유전사업을 추진했으나 이번 사업이 잘못되어 물의를 빚고 있는점에 대해 사과드린다"고 답변했다.
같은당 이호웅 의원도 "유전개발 의혹에 철도공사가 연관돼 유감을 표하며, 검찰은 철저한 수사를 통해 책임소재를 밝혀야 한다"고 강조했다.
반면 한나라당 김병호 의원은 "이광제 의원이 유전개발사업에 개입 의혹을 받고 있는 만큼 이 의원은 국회에 집적 나와서 '참'과 '거짓'을 명확히 밝혀야 한다"고 지적했다.
한편, 한나라당 대부분 의원들이 지적하고 있는 이광재 의원의 유전개발 개입의혹과 관련, 왕영용 본부장은 "이 의원은 작년 10월 중순쯤 처음 만났고 이 의원 등과 유전개발 사업을 논의한 적이 없다"고 단호하게 부인했다.